Transportasi laut ke ibukota Kabupaten Waropen dapat diakses melalui 3 pelabuhan, yakni pelabuhan utama di Pinemani, pelabuhan speedboat di Waren dan pelabuhan bongkar muat barang di Sanggai Urfas.
Sementara ini ada beberapa kapal kayu dan kapal ferri yang masuk di pelabuhan pinemani, diantaranya kapal penumpang Dioskuri, Kapal penumpang Talaga dan Kapal Ferri Masirei, dan lain-lain disamping transportasi menggunakan speedboad dari Waropen-Serui. Pemerintah Daerah sedang mengupayakan percepatan pembangunan jembatan pelabuhan di Pinemani Urfas. Jika pembangunannya telah rampung, maka kapal putih dan kapal barang sudah dapat bersandar dan melakukan bongkar muat di pelabuhan Pinemani.
Dana yang dibutuhkan untuk membangun dermaga pada tahun 2009 Rp 10 M.Total dana yang sudah dikucurkan untuk proses pembangunannya hingga tahun 2012 sudah mencapai Rp 40 Miliar. Sumber dana dari Provinsi, Kabupaten dan Pusat.