Bahasa Waropen digolongkan kedalam bahasa-bahasa Austronesia dan Geelvink Bay Sub-Group (Peter J. Zilser, 1991; 84). Wilayah penyebaran bahasa Waropen berada diwilayah administrasi pemerintahan Distrik Waropen Atas, Waropen Bawah, Nabire dan Napan.
Mengenai bahasa Waropen terdapat perbedaan yaitu diantara Bahasa Waropen Ronari dengan bahasa Waropen Kai dan Ambuni. Bahasa Waropen Ronari sudah banyak dipengaruhi oleh bahasa dari Pedalaman.
Menurut klassifikasi bahasa yang dibuat oleh Ayamiseba 1984 daerah pesisir terdiri dari bahasa Austronesia tetapi apabila makin ke pedalaman kita temukan kelompok bahasa Non Austranesia (NAN).
Dari uraian diatas dapat dilihat bahwa sebenarnya orang Waropen Ambuni, Waropen Kai yang mendiami pesisir Waropen menggunakan bahasa Austronesia. Sebaliknya Waropen Ronari yaitu mereka yang mendiami pesisir Barapasi sampai ke desa Tamakuri masuk kedalam kelompok Non Austronesia. Kelompok Non Austronesia masih dibedakan dalam tingkatan tertentu yang disebut sebagai Geelvink Bay Phylum.
Sementara itu masih ada pembagian kelompok bahasa yang pernah dibuat oleh Van Eek (1952-1954) :
- Kelompok Tamakuri ; yang digolongkan dalam kelompok ini adalah bahasa Bonoi, Tamakuri, Teba dan Janke.
- Kelompok Keerema ; meliputi sebagian besar penduduk yang berada di pedalaman yaitu Desa Anasi, Dadat, Kerema, Baita, Nissa dan Danau Nissa.
- Kelompok Sorabi ; terdiri dari Desa Sorabi dan Rapa Mirei
- Kelompok Si Romi / Nadefoai ; meliputi Desa Barapasi, Sirami, Sidate, Bonefa, Bariwato, Berefer, Rabiwa, Demba dan Nadefuai.
- Kelompok Baudi ; digunakan oleh suku – suku bangsa yang masih berpindah dari satu tempat ke tempat yang lain.
6.Kelompok Kai ; kelompok ini meliputi kampung Wonti sampai Waren termasuk Sosora, makin ke barat termasuk desa Napan, Weinami, Jaur terus sampai ke Ambuni. - Kelompok Burate / Taru ; dipakai oleh suku-suku bangsa yang masih berpindah-pindah tempat
- Kelompok Demisa ; sama seperti diatas.
- Kelompok Serui ; kelompok ini tersebar diantara penduduk yang mendiami pulau Nau, Wapoga Pantai, Pamai dan Tamakuri.
Dari klassifikasi diatas kelompok bahasa Kai merupakan kelompok mayoritas dan daerah persebarannya sangat luas, jika dibandingkan dengan kelompok bahasa lainnya. Kelompok Kai dipakai oleh orang-orang dari Waonti sampai ke daerah Ambuni walaupun terdapat perbedaan dialek tetapi dapat dimengerti oleh semuanya. Kelompok Burate, Deemisa dan kelompok Baudi merupakan kelompok kecil dan dipakai oleh suku-suku bangsa yang selalu berpindah-pindah, sedangkan kelompok Serui ini terdiri dari orang-orang Serui yang sudah mendiami daerah-daerah tertentu di Waropen seperti Wapoga, Pamai dan Tamakuri.
Diharapkan agar dilakukan suatu studi penelitian kebahasaan mengenai bahasa Waropen dalam kaitan dengan beberapa bahasa di pedalaman sehingga nantinya dapat dijadikan bahan komperatif antara bahasa di pedalaman di pesisir Pantai Waropen.